O Arquipélago dos Abrolhos começou a se formar entre 42 e 52 milhões de anos, quando erupções vulcânicas submarinas derramaram lava no fundo dos mares. Sobre esta base rochosa desenvolveram-se corais, algas calcárias e outros organismos que hoje formam o arquipélago. O fundo é formado por areia de origem biológica, com pedaços de conchas, corais etc. Há 16 mil anos, durante o auge da última grande era glacial, o nível do mar se encontrava 130 metros abaixo do atual. Acredita-se que parte da plataforma de Abrolhos tenha permanecido submersa durante este período, o que permitiu a sobrevivência dos corais. A região seria, assim, um dos “reservatórios” de corais do mundo, de onde teriam se irradiado para outros locais, quando as águas subiram novamente.
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